Okupace. Dne 1. října 1938 a také v následujících dnech se němečtí vojáci přesunuli do Sudet, které již úředníci, vojsko a mnozí Češi již upustili. S nimi utekli i mnozí Židé a němečtí antifašisti. Adolf Hitler tak dosáhl svých prvních nejdůležitějších zahraničněpolitických cílů Připojení Rakouska a Sudet do nového „Velkého Německa“ mnohem dříve, než plánoval, a bez války.
„Lidé teď stojí všude na ulicích a nárožích a radostně nám mávají. Ale pokračuje to dál a dál. V Grulichu, prvním městě za hranicemi, se setkáváme s nadšeným přijetím. S vytasenými puškami znovu míjíme generála. Na náměstí stojí hustě zaplnění lidé a sotva slyší hudbu a heilují. Není to plané nadšení. To je opravdová radost. Radost, jakou asi nikdo z nás nikdy nezažil, a cítíme se díky ní úplně jinak.“ (Zápisky z deníku vojáka wehrmachtu Herberta Wetziga 1914-1942, Friedland/Nieder-Lausitz, fond DHM)
V dubnu 1943 měla NSDAP v Sudetech asi 527 000 členů. V poměru k počtu obyvatel a ve srovnání s celou Říší bylo v sudetské župě neúměrně mnoho lidí členy strany. V roce 1939 měla SA již přibližně 160 000 členů. To neznamená, že všichni tito lidé byli fanatičtí národní socialisté. Mnozí z těch, kteří se chtěli připojit, však zažili pogrom na Židy v listopadu 1938, viděli, jak byli v říjnu 1938 zatýkáni sudetoněmečtí sociální demokraté a komunisté. Vysokého počtu členů a dalších projevů podpory nacistickému režimu tak bylo dosaženo v době, kdy byl nacistický teror zřejmý každému obyvateli župy. Lidé se zjevně méně starali o útlak a místo toho doufali v možné sociální zlepšení, které přilákalo připojení k Německé říše. Místní straničtí funkcionáři navíc za tento „anšlus“ požadovali vděčnost a vytvořili tak sudetoněmeckou variantu nacistické propagandy, která měla na lidi odpovídající účinek.
V řeči nacistické propagandy bylo zničení zbytku Československa, nazývané také jako „Vyřízení zbytku Čech“, vojenskou operací, při níž německá vojska 15. a 16. března 1939 obsadila zbývající území krátce existující „Československé republiky“. Po hrozbě bombardování Prahy vpochodoval wehrmacht bez odporu dovnitř. Čechy a Morava, které byly již předtím zmenšeny připojením Sudet k Německé říši o oblasti s většinovým německým obyvatelstvem, se Hitlerovým výnosem staly „říšským protektorátem“ s německou jurisdikcí. Slovensko se pod Hitlerovým tlakem stalo formálně nezávislým státem, ale z hlediska zahraniční politiky vazalským státem „Velkého Německa“.
Již po připojení Rakouska a Sudet k Německé říši v roce 1938 a po obsazení Čech a Moravy byla zřízeny. einsatzkommanda nebo skupiny, které se převzali bezpečnostní a zpravodajské úkoly a prováděla „očistu „osvobozených území“ od marxistických lidových zrádců a jiných nepřátel státu“ („Völkischer Beobachter“ z 10. října 1938). Šlo o vyhledávání a vraždění opozičních osob bez dodržování zákonných norem a kontrol.
Přesto 28. října 1939, v den výročí československé nezávislosti, demonstrovalo v Praze několik tisíc studentů proti německé okupaci. Student medicíny Jan Opletal byl přitom vážně zraněn kulkou a 15. listopadu 1939 na následky zranění zemřel. Jeho smrt vyvolala vážné nepokoje. V důsledku toho byla 17. listopadu 1939 uzavřena Karlova univerzita v Praze a více než 1200 českých studentů bylo internováno v koncentračním táboře Sachsenhausen.
Reinhard Heydrich, šéf Hlavního úřadu říšské bezpečnosti, byl v roce 1941 jmenován zástupcem říšského protektora Čech a Moravy barona von Neuratha. Svým brutálním pronásledováním odboje si vysloužil pověst „pražského řezníka“. Poté, co byl 27. května 1942 při atentátu na Heydricha těžce zraněn a 4. června 1942 na následky atentátu zemřel, se v protektorátu obnovila vlna teroru jako odplata za Heydrichův atentát. Bylo zatčeno 10 000 Čechů, přes 1 300 popraveno a v zemi byl vyhlášen výjimečný stav. Při nechvalně proslulém masakru v Lidicích 10. června 1942 srovnali esesáci celou vesnici se zemí a zabili všechny mužské obyvatele. O tři týdny později byl výjimečný stav opět zrušen, ale zkrácené soudy, které měly soudit podezřelé, zůstaly v platnosti.
Češi v protektorátu, ačkoli jim byla Hitlerovým výnosem přislíbena omezená suverenita s vlastní hlavou státu a autonomie ve správě, soudnictví a kultuře, ve skutečnosti ztratili nezávislost ve všech ohledech. Co jim hrozilo, bylo zřejmé z brutální školské politiky nacionálních socialistů v Sudetech, která českým dětem upírala středoškolské vzdělání. Nakonec měly být jazyk a kultura Čechů zničeny. Plány na znovuosídlení však ztroskotaly na průběhu války a potřebě české pracovní síly. Díky vzdělaným pracovním silám a rozvinutému průmyslu protektorát významně přispěl k německému válečnému hospodářství. To si vynutilo umírněnou politiku vůči Čechům – navzdory protestům protičesky smýšlejících obyvatel Sudet. Ukázalo se však, že pokud jde o zásadní politická rozhodnutí, mají hlavní slovo nejvyšší říšské orgány. Nicméně toto rozhodnutí učinili pouze z vypočítavosti ve prospěch Čechů v protektorátu.
Pražské povstání proti Němcům začalo během postupu Rudé armády a Američanů 5. května 1945. 8. května byla svržena protektorátní vláda, kterou však stále chránilo 80 000 vojáků, několik divizí SS a ústředních služeb gestapa. Následujícího dne vstoupila sovětská vojska do Prahy.